Das IBE führte im Auftrag des Bundesministerium für Landesverteidigung in Kooperation mit der Universität Linz den Universitätslehrgang Wehrpädagogik durch. Allgemeines Ziel des Lehrgangs ist die wissenschaftlich begründete Weiterbildung für bereits im Ausbildungsbetrieb bewährte bzw. eine Lehrfunktion an militärischen Schulen anstrebende Personen. 
Detailziele des Lehrganges lagen in der Erhöhung relevanter pädagogischer und sozialer Kompetenzen von Führungspersonal des Österreichischen Bundesheeres, sowie in der Befähigung der Teilnehmer zum Denken in Zusammenhängen. Neben den 7 inhaltlichen Lehrblöcken wurden zusätzlich themenspezifische Studientage und Projekte durchgeführt.

Am 3. Juli 2002 fand an der JKU Linz die Abschlussfeier des 3. Universitätslehrgangs Wehrpädagogik statt. 10 Absolventen wurde der Titel "Akademischer Wehrpädagoge" verliehen. Herr Univ.-Prof. Dr. Manfred Rotter hielt die Festansprache.